Markus Wernly erhielt den ersten Gesangsunterricht bei Marianne Kohler am Konservatorium Biel und in Kursen bei Prof. Jakob Stämpfli. Es folgte Unterricht bei Prof. Karl Markus und Dr. Ewald Körner. Von 1990 bis 1993 studierte er in der Meisterklasse von Prof. Frieder Lang am Konservatorium in Luzern, wo er mit Konzertdiplom abschloss. Studien in Liedinterpretation sowie Arbeit an Konzert- und Oratorienrepertoire bei Shari Rhoads rundeten seine Ausbildung ab. Weitere Studien führte ihn zu Dennis Hall und einem Meisterkurs bei Prof. Ernst Häfliger. Bis 2003 war er als Konzertsänger und Gesangslehrer tätig. Nach einer längeren Pause tritt er seit 2018 wieder in Konzerten mit Liederprogrammen auf. Er arbeitet zusammen mit Edit Siegfried-Szabo (Technik) und Alexander Ruef (Liedbegleitung und Korrepetition). Seinen Erstberuf als Sekundarlehrer übte er von 1979 bis 2018 aus. Diplome in Transaktionsanalyse und Mediation rundeten seine Berufsausbildung ab. Daneben wirkte er als Erwachsenenbildner, Mentor, Praxislehrer und Dozent an der berufspraktischen Ausbildung am Institut Sekundarstufe 1 der pädagogischen Hochschule Bern.