Stephen COUBE naît à Lyon en 1857 ; par sa famille paternelle (Gautrand de Prades, Coubé du Maynadal) il baigne dans un milieu royaliste, par sa famille maternelle (Chaptal, chimiste) il est sensibilisé à la recherche scientifique.
Il est baptisé en l'église Saint-Nizier.
En 1866 il entre au collège des Jésuites en Avignon, en 1869 à celui de Poitiers où ont déménagé ses parents.
Il entre ensuite au noviciat jésuite et enseignera dans différents collèges jésuites. En 1883 il enseigne au collège jésuite de Cantorbery en Angleterre.
En 1886 il part en mission aux Indes.
En 1888 il revient terminer ses études théologiques au scolasticat de Laval, transféré dans l'île de Jersey à la suite de l'expulsion des Jésuites de France en 1880.
En 1890 il est ordonné prêtre au sein de la Compagnie de Jésus par l'évêque de Quimper dans la chapelle de son évêché pour permettre à son père malade d'y assister.
