Nació en Montevideo en 1948. Cursaba cuarto año en la Facultad de Veterinaria cuando fue detenido por el Ejército uruguayo en 1972, un año antes del golpe de Estado, por formar parte del Movimiento de Liberación Nacional Tupamaros. Estuvo privado de libertad durante más de seis meses en el Batallón 13 de Infantería y más de doce años en el Penal de Libertad. En mayo de 1985, tras su liberación, empezó a trabajar en una planta pesquera y lo hizo durante catorce años. Fue ministro de Trabajo en el primer Gobierno del Frente Amplio, entre 2005 y 2010, y ministro de Interior entre 2010 y 2020. Actualmente es senador de la República. En su adolescencia y juventud, Bonomi jugó al fútbol en el Club Limburgo, en la Liga Universitaria, y en la tercera división de Montevideo Wanderers Fútbol Club. Fue en los años en prisión que se formó como gran lector y escribió sus primeros cuentos para combatir la soledad y el aislamiento. Muchas páginas de Código 79 fueron escritas en aviones y aeropuertos, principalmente en dos viajes a la República Popular China.